Las principales amenazas están debidas principalmente a presiones de carácter económico-social de las poblaciones aledañas y en menor grado por fenómenos naturales, cuyo impacto desfavorable afecta la integridad de este valioso patrimonio natural.
Las acciones impactantes de mayor consideración en la alteración del Santuario son: la extracción de leña, la introducción de especies exóticas, el sobre pastoreo y la agricultura. Estas acciones dan lugar a la pérdida de la diversidad y estabilidad del ecosistema, disminución de la tasa de crecimiento del bosque, modificación de la fisiografía en los extremos del bosque y alteraciones en la cuenca.
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